Erro ao usar commandArgs () para passar argumentos para R roteiro

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Feliz segunda-feira!

Eu estou tentando obter o meu script para ler em um arquivo CSV dada a partir de linha de comando, mas eu continuo recebendo este erro:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Este é meu código:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$Tree.Height.m <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = ../Results/,filename,_treeheights.csv, row.names=FALSE, col.names=TRUE))

É suposto para ler em distância e dados de grau para calcular a altura das árvores, adicionar a altura para a trama de dados e saída para um novo arquivo. Qualquer ajuda seria muito apreciada, obrigado! : D

Publicado 02/12/2019 em 23:58
fonte usuário
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Erro ao usar commandArgs () para passar argumentos para R roteiro

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Feliz segunda-feira!

Eu estou tentando obter o meu script para ler em um arquivo CSV dada a partir de linha de comando, mas eu continuo recebendo este erro:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Este é meu código:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$"Tree.Height.m" <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = "../Results/",filename,"_treeheights.csv", row.names=FALSE, col.names=TRUE))

É suposto para ler em distância e dados de grau para calcular a altura das árvores, adicionar a altura para a trama de dados e saída para um novo arquivo. Qualquer ajuda seria muito apreciada, obrigado! : D

Respondeu 02/12/2019 em 23:58
fonte usuário

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