Perguntas com a tag [snakemake]

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490
Modo Emacs para snakemake?
Publicado 15/06/2013 em 20:08
usuário user2489449
Publicado 11/08/2015 em 10:03
usuário Marcel M
Publicado 24/08/2015 em 10:52
usuário rioualen
Publicado 31/08/2015 em 14:40
usuário rioualen
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537
Sempre executar regra no Snakefile (snakemake)
Publicado 08/04/2016 em 10:05
usuário Chris
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202
programação Pipeline em paralelo
Publicado 17/06/2016 em 18:21
usuário VickiT05
Publicado 21/06/2016 em 20:27
usuário VickiT05
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776
Re-escrever arquivo protegido contra gravação
Publicado 29/06/2016 em 13:04
usuário VickiT05
Publicado 08/07/2016 em 07:49
usuário The Unfun Cat
Publicado 26/10/2016 em 11:12
usuário bli
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466
Como fazer expandir um parcial em Snakemake?
Publicado 03/11/2016 em 09:37
usuário bli
Publicado 09/11/2016 em 15:19
usuário bli
Publicado 09/11/2016 em 15:53
usuário user3213137
Publicado 10/11/2016 em 23:08
usuário blaurent
Publicado 13/11/2016 em 10:13
usuário Stephan
Publicado 15/11/2016 em 05:49
usuário Andreas
Publicado 18/11/2016 em 00:27
usuário olala
Publicado 18/11/2016 em 21:04
usuário olala
Publicado 21/11/2016 em 02:28
usuário Andreas
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95
Impedir snakemake de fazer diretório de saída
Publicado 21/11/2016 em 21:36
usuário Harold
Publicado 22/11/2016 em 15:39
usuário Andreas
Publicado 23/11/2016 em 16:43
usuário fitziano
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346
Snakemake: dependências que não são introduzidos
Publicado 25/11/2016 em 10:27
usuário blaurent
Publicado 02/12/2016 em 16:09
usuário bli
Publicado 02/12/2016 em 21:40
usuário olala
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182
nome do atual regra na Snakemake
Publicado 05/12/2016 em 13:59
usuário glihm
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293
Snakemake: remover o arquivo de saída
Publicado 06/12/2016 em 13:30
usuário blaurent
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363
Reutilização de uma regra no Snakemake
Publicado 06/12/2016 em 16:17
usuário glihm
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49
Instalando snakemake sem internet
Publicado 11/12/2016 em 18:36
usuário MichelleN
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84
Snakemake + tmux
Publicado 11/12/2016 em 19:26
usuário domino55
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150
questões LSF snakemake
Publicado 13/12/2016 em 12:38
usuário naamako
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139
Snakemake melhor prática para demultiplexing
Publicado 14/12/2016 em 05:57
usuário kdmurrray91
Publicado 16/12/2016 em 13:31
usuário bli
Publicado 20/12/2016 em 19:57
usuário Jon
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56
Definindo Funções para Geany "Filetype"
Publicado 04/01/2017 em 13:59
usuário Gil Hornung
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299
Usando regex em snakemake wildcards
Publicado 04/01/2017 em 14:07
usuário rioualen
Publicado 12/01/2017 em 17:49
usuário vtrubets
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99
bibliotecas globalmente carga R em Snakemake
Publicado 13/01/2017 em 17:01
usuário Zuup
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428
Como obter o caminho diretório de trabalho?
Publicado 16/01/2017 em 11:52
usuário rioualen
Publicado 17/01/2017 em 13:55
usuário Robyc
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453
usar vários parâmetros em snakemake
Publicado 20/01/2017 em 16:16
usuário Kam Sen
Publicado 27/01/2017 em 16:40
usuário Zuup
Publicado 15/02/2017 em 16:08
usuário bli
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475
Snakemake: usando regex em expandir ()
Publicado 21/02/2017 em 10:44
usuário Zuup
Publicado 06/03/2017 em 15:42
usuário Mesmer
Publicado 08/03/2017 em 15:27
usuário Veera
Publicado 16/03/2017 em 14:21
usuário bli
Publicado 16/03/2017 em 15:36
usuário lvw
Publicado 17/03/2017 em 07:55
usuário Kolja
Publicado 22/03/2017 em 05:56
usuário RNA
Publicado 24/03/2017 em 18:18
usuário Veera




Publicado 28/03/2017 em 15:14
usuário lvw
Publicado 30/03/2017 em 16:51
usuário crazyhottommy
Publicado 10/04/2017 em 16:01
usuário Zen
Publicado 12/04/2017 em 15:00
usuário msakya
Publicado 07/05/2017 em 14:43
usuário hetica
Publicado 11/05/2017 em 11:22
usuário tdido
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296
Snakemake SGE Cluster Submissão Edição
Publicado 16/05/2017 em 20:56
usuário x.Doan
Publicado 23/05/2017 em 10:03
usuário Anna Jeanine
Publicado 25/05/2017 em 01:54
usuário TBoyarski
Publicado 25/05/2017 em 08:22
usuário user3015703
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88
Usando pyenv em uma regra snakemake
Publicado 01/06/2017 em 19:55
usuário rbrisk
Publicado 08/06/2017 em 00:02
usuário TBoyarski
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236
MissinOutputException em snakemake
Publicado 09/06/2017 em 08:32
usuário Jokhe
Publicado 15/06/2017 em 07:23
usuário user3015703
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116
Thread.py snakemake erro
Publicado 18/06/2017 em 14:35
usuário user3015703
Publicado 22/06/2017 em 14:24
usuário user3015703
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108
Como acessar cluster_config dict dentro regra?
Publicado 27/06/2017 em 16:52
usuário Jon
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80
Mantenha-se na remota S3 RemoteProvider
Publicado 27/06/2017 em 16:56
usuário K.Lai
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467
dinâmica de saída em snakemake
Publicado 29/06/2017 em 01:16
usuário ate50eggs
Publicado 04/07/2017 em 14:04
usuário Alexandre.S
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80
logging comando Wrapper: Snakemake
Publicado 12/07/2017 em 01:04
usuário sebio
Publicado 14/07/2017 em 21:26
usuário Bruno Grande
Publicado 21/07/2017 em 20:09
usuário Vivek-Bh
Publicado 25/07/2017 em 13:13
usuário mau_who
Publicado 26/07/2017 em 16:58
usuário bli
Publicado 28/07/2017 em 13:34
usuário bli
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36
parâmetros acorrentados em SnakeMake
Publicado 28/07/2017 em 21:18
usuário tedtoal
Publicado 01/08/2017 em 16:20
usuário mau_who
Publicado 03/08/2017 em 02:20
usuário TBoyarski
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64
Onde relatar sugestões para SnakeMake
Publicado 03/08/2017 em 18:51
usuário tedtoal
Publicado 03/08/2017 em 20:34
usuário tedtoal
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475
snakemake wildcards ou expandir comando
Publicado 04/08/2017 em 13:49
usuário mau_who
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121
snakemake configuração de acesso na saída
Publicado 04/08/2017 em 18:16
usuário Matt
Publicado 07/08/2017 em 18:44
usuário tedtoal
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32
Como é snakemake nome do script acessada?
Publicado 07/08/2017 em 22:33
usuário tedtoal
Publicado 08/08/2017 em 16:39
usuário Zuup
Publicado 08/08/2017 em 20:09
usuário tedtoal
Publicado 09/08/2017 em 10:37
usuário mau_who
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89
Snakemake: dinâmico + saída não dinâmica
Publicado 09/08/2017 em 20:10
usuário Sean Colby
Publicado 10/08/2017 em 08:09
usuário bli
Publicado 10/08/2017 em 12:33
usuário rioualen
Publicado 10/08/2017 em 23:44
usuário tedtoal
Publicado 16/08/2017 em 13:56
usuário tdido
Publicado 17/08/2017 em 06:39
usuário Jan Schreiber
Publicado 17/08/2017 em 21:08
usuário yevishere
Publicado 18/08/2017 em 20:59
usuário tedtoal
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31
edição suporte no comando de cluster snakemake
Publicado 18/08/2017 em 21:42
usuário yevishere
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53
Fluxo de Trabalho de desconexão
Publicado 19/08/2017 em 04:58
usuário domino55
Publicado 21/08/2017 em 10:47
usuário merella.stefania
Publicado 21/08/2017 em 16:15
usuário Alistair Miles




Publicado 21/08/2017 em 20:42
usuário yevishere
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85
Armazenando o resultado de um comando shell
Publicado 28/08/2017 em 09:01
usuário khikho
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105
Uso de argparse no roteiro Snakemake
Publicado 30/08/2017 em 23:57
usuário JeeYem
Publicado 31/08/2017 em 20:44
usuário tedtoal
Publicado 31/08/2017 em 22:54
usuário user977828
Publicado 05/09/2017 em 22:00
usuário tedtoal
Publicado 06/09/2017 em 03:57
usuário mitoRibo
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119
comando touch Snakemake
Publicado 06/09/2017 em 10:13
usuário mau_who
Publicado 08/09/2017 em 16:32
usuário hardingnj
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37
arquivo de proxy no código snakemake
Publicado 11/09/2017 em 14:11
usuário mau_who
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1
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134
Múltiplas "params" no arquivo Snakemake
Publicado 13/09/2017 em 10:00
usuário Michael Schubert
Publicado 13/09/2017 em 13:06
usuário Michael Schubert
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50
Snakemake: regra de gerar resultados estranhos
Publicado 19/09/2017 em 12:53
usuário user4249654
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80
snakemake como codificar análise par
Publicado 19/09/2017 em 21:56
usuário mau_who
Publicado 25/09/2017 em 06:25
usuário tedtoal
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117
regras Snakemake
Publicado 25/09/2017 em 06:43
usuário jk_kim
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86
snakemake gerir amostra par e indelrealigner
Publicado 25/09/2017 em 20:18
usuário mau_who
Publicado 26/09/2017 em 12:51
usuário mgalardini
Publicado 26/09/2017 em 13:36
usuário Rewati Tappu
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140
Restrições curinga entrada Snakemake
Publicado 01/10/2017 em 00:58
usuário Mike Dacre
Publicado 02/10/2017 em 15:45
usuário hardingnj
Publicado 04/10/2017 em 01:24
usuário bwubb
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148
Tratamento de erros SIGPIPE em snakemake
Publicado 04/10/2017 em 15:56
usuário dariober
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1
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57
latência tempo para snakemake
Publicado 06/10/2017 em 12:00
usuário mau_who
Publicado 08/10/2017 em 17:12
usuário sharchaea
Publicado 08/10/2017 em 22:50
usuário tedtoal
Publicado 12/10/2017 em 16:25
usuário David M
Publicado 13/10/2017 em 16:08
usuário bwubb
Publicado 18/10/2017 em 15:03
usuário bli
Publicado 19/10/2017 em 07:17
usuário Kim
Publicado 20/10/2017 em 19:23
usuário Sajber
Publicado 20/10/2017 em 20:14
usuário Colin
Publicado 24/10/2017 em 10:32
usuário Sajber
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60
Recursão / looping de regras em snakemake
Publicado 26/10/2017 em 06:38
usuário Cerikson
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151
Como usar o ambiente por regra no snakemake?
Publicado 26/10/2017 em 07:43
usuário A. Fust
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1
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24
Ignorar / cluster No-uso para certas regras
Publicado 27/10/2017 em 13:03
usuário bwubb
Publicado 03/11/2017 em 02:44
usuário SlowLearner
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45
snakemake filtrar arquivos dinâmicos
Publicado 03/11/2017 em 10:23
usuário Fenrir
Publicado 03/11/2017 em 18:22
usuário bli
Publicado 07/11/2017 em 02:21
usuário Cerikson
Publicado 07/11/2017 em 15:03
usuário ezhao15
Publicado 09/11/2017 em 21:47
usuário mau_who
Publicado 10/11/2017 em 04:16
usuário tedtoal
Publicado 12/11/2017 em 12:44
usuário pirovc
Publicado 13/11/2017 em 15:15
usuário Carlus
Publicado 13/11/2017 em 16:32
usuário Carlus
Publicado 15/11/2017 em 20:12
usuário JeeYem
Publicado 15/11/2017 em 23:46
usuário dugar
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23
Permitindo opções em snakefile
Publicado 20/11/2017 em 17:52
usuário tedtoal
Publicado 20/11/2017 em 23:13
usuário Barry Moore




Publicado 21/11/2017 em 14:20
usuário Kamil S Jaron
Publicado 24/11/2017 em 09:57
usuário rioualen
Publicado 29/11/2017 em 14:50
usuário l0o0
Publicado 01/12/2017 em 19:49
usuário JeeYem
Publicado 04/12/2017 em 14:55
usuário fiona
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103
como wildcards em regras, Snakemake
Publicado 04/12/2017 em 19:52
usuário Yan W.
Publicado 05/12/2017 em 04:14
usuário Hirak Sarkar
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34
Muitos arquivos em `pasta .snakemake`
Publicado 12/12/2017 em 12:24
usuário Jan Schreiber
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21
como encontrar o repositório direita
Publicado 14/12/2017 em 01:56
usuário Anlin Li
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1
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65
Snakemake um coringa, e também expandir
Publicado 18/12/2017 em 16:36
usuário par
Publicado 19/12/2017 em 14:29
usuário Jonathan Manning
Publicado 19/12/2017 em 19:33
usuário Bharat
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1
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51
snakemake ambientes diferentes por subworkflow
Publicado 22/12/2017 em 09:32
usuário Tjitske
Publicado 28/12/2017 em 06:29
usuário Daniel Standage
Publicado 28/12/2017 em 14:15
usuário rioualen
Publicado 05/01/2018 em 08:37
usuário Anlin Li
Publicado 05/01/2018 em 11:05
usuário rioualen
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1
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1
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92
Faltando wildcards em Object S4 snakemake em R
Publicado 05/01/2018 em 17:08
usuário Patrick Roelli
Publicado 09/01/2018 em 12:18
usuário Chris
Publicado 09/01/2018 em 18:16
usuário fakechek
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1
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63
regra não pego por snakemake
Publicado 10/01/2018 em 15:29
usuário yahan
Publicado 11/01/2018 em 21:16
usuário user1973192
Publicado 15/01/2018 em 13:00
usuário Julien Lagarde
Publicado 19/01/2018 em 15:57
usuário Uri Laserson
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1
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49
expressão lambda em argumentos de entrada
Publicado 21/01/2018 em 16:16
usuário khikho
Publicado 24/01/2018 em 04:18
usuário Andreas
Publicado 24/01/2018 em 14:03
usuário tfenne
Publicado 25/01/2018 em 09:55
usuário yahan
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126
Snakemake: roteiro R falhar (quase) imediatamente
Publicado 25/01/2018 em 10:17
usuário fakechek
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2
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147
Usando vários nomes como wildcards em Snakemake
Publicado 25/01/2018 em 13:03
usuário bapors
Publicado 25/01/2018 em 19:50
usuário seandavi
Publicado 28/01/2018 em 16:35
usuário Lucas van Dijk
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1
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55
memória Snakemake limitando
Publicado 31/01/2018 em 12:33
usuário bapors
Publicado 01/02/2018 em 03:00
usuário Mike Dacre
Publicado 01/02/2018 em 17:07
usuário anilbey
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1
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19
Snakemake: análise JSON multi-nível
Publicado 06/02/2018 em 09:24
usuário Nicolas Rosewick
Publicado 07/02/2018 em 17:30
usuário user9328894
Publicado 07/02/2018 em 19:02
usuário Thomas Moody
Publicado 08/02/2018 em 12:37
usuário anilbey
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44
InputFunctionException com KeyError
Publicado 09/02/2018 em 16:08
usuário user3015703
Publicado 09/02/2018 em 20:34
usuário K.Lai
Publicado 09/02/2018 em 20:36
usuário mau_who
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58
Snakemake: Erro com curinga não mais existiam
Publicado 12/02/2018 em 13:35
usuário Nicolas Rosewick
Publicado 14/02/2018 em 10:03
usuário user9328894
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65
grupo snakemake arquivos juntos por curinga
Publicado 14/02/2018 em 11:32
usuário Nicolas Rosewick
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66
dinâmica de saída hierárquica em snakemake
Publicado 15/02/2018 em 12:08
usuário kiero
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41
não Snakemake jogar bem com wget
Publicado 16/02/2018 em 00:35
usuário conchoecia
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33
Snakemake: como alterar guia literal
Publicado 20/02/2018 em 15:21
usuário Nicolas Rosewick
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79
criar manualmente wildcards snakemake
Publicado 21/02/2018 em 15:09
usuário fakechek

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